Здравствуйте.

> 1. Как убрать раздел "Ваши бонусы Бесплатная доставка на заказ от 3000 руб." ?

Это уведомление об активной для заказа промо-акции. Вы можете выключить промо-акцию на странице Маркетинг > Промо-акции и скидки.

> 2. Как сделать, что клиенту нужно было вводить только Имя, телефон и город?

Вы можете выключить поля на странице Администрирование > Поля профиля. При этом проверьте настройки пунктов назначения. Если поля Индексы, Города, Адреса заполнены, проверьте, включены ли поля профиля Почтовый индекс, Город, Адрес для формы адреса доставки на странице Администрирование > Поля профиля > Адрес доставки. Если соответствующее поле профиля выключено, система не выберет пункт назначения для покупателей, и список способов доставки будет неполным. 

Спасибо.