Чтобы изменить начальный номер заказа, пожалуйста, воспользуйтесь рекомендациями из следующей статьи:

Начальный номер заказа

Также хотим отметить, что нумерация заказов в Мерчиуме идет через один. Таким образом, если есть заказ номер 1, следующим будет заказ номер 3, потом 5 и т.д.

Дело в том, что для резервирования данных, обеспечения отказоустойчивости, а также для улучшения производительности и масштабируемости в Мерчиуме используется репликация базы данных, а именно ее разновидность  —  Master-Master репликация. Этот вид репликации требует настройки смещения идентификаторов объектов базы данных. Таким образом, создаются копии объектов (в нашем случае это заказы) на разных серверах с разными идентификаторами. Подробнее об этом вы можете прочесть в данной статье:

http://habrahabr.ru/company/bitrix/blog/146490/

Изменить схему нумерации заказов (номера через один) нельзя. 

Спасибо.