в 1С существует отдельная ветка дополнений для синхронизации с сайтом: http://1c.1c-bitrix.ru/ecommerce/download.php
она существенно расширяет функциональность выгрузки и очень хочется иметь возможность её использования вместе с Мерчиумом, но пока при инициализации получаем

Выгрузка на сайт информации о товарах не выполнена.
Не удалось прочитать ответ сервера. Параметры обмена не получены.
Ответ сервера: Мерчиум 4.3.1.39127 (dev) 8b3596a154d2b517e958057e85033e83b0809a01

Не исключено, что данный функционал скоро войдет в типовые решения по дефолту, и было бы приятно быть к этому готовыми :)